Este enfoque integral entiende la importancia de considerar los ecosistemas marinos como un todo, reconociendo que las acciones dirigidas a una especie pueden desencadenar efectos en cadena que afectan a otras especies y al entorno marino en su conjunto. Busca un equilibrio entre la utilización sostenible de los recursos pesqueros y la conservación de los hábitats marinos, priorizando la preservación de la biodiversidad. Este método no solo se enfoca en aspectos ecológicos, sino que también incorpora consideraciones socioeconómicas y culturales, así como prácticas de gobernanza adecuadas, para garantizar que las comunidades dependientes de la pesca se beneficien de manera equitativa y sostenible. Apoyándose en una base científica sólida sobre los procesos ecológicos y fomentando la colaboración entre pescadores, científicos, autoridades gubernamentales y organizaciones civiles, este enfoque promueve regulaciones pesqueras más inclusivas, comprensivas y resilientes.

A grandes rasgos, este enfoque promueve (Cuadro tomado y modificado de FAO, 2015): 

La principal finalidad del enfoque ecosistémico de la pesca (EEP) es planificar, desarrollar y ordenar la pesca de un modo que satisfaga las múltiples necesidades y deseos de las sociedades, sin poner en riesgo la posibilidad de que las generaciones futuras se beneficien de toda la gama de bienes y servicios que pueden obtenerse de los ecosistemas marinos. 

Durante mucho tiempo, hasta los años 80, se usó la misma forma de estimar la cantidad de diferentes especies de peces, sin considerar sus características únicas. Se creía que una sola técnica de pesca funcionaría para todas, estableciendo límites de pesca para manejarlas. Pero en realidad, las redes de pesca capturan varias especies a la vez, lo que hacía que estas estimaciones no fueran precisas. Además, se ignoraba a las especies que no se querían pescar (descarte), llevando a una pesca excesiva de estas especies no deseadas. Con el tiempo, la pesca intensiva ha afectado negativamente tanto a las especies deseadas como a las no deseadas, reduciendo la cantidad de peces y dañando el entorno marino. Esto ha sucedido tanto en la pesca a gran escala como en la pesca artesanal, aunque los estudios se centraron más en la pesca a gran escala. 

Las medidas para manejar la pesca no eran muy efectivas porque se concentraban demasiado en controlar la cantidad de peces capturados, sin considerar el impacto en todo el ecosistema o cómo se gestionaban estas actividades. Hoy en día, se espera que un buen manejo de la pesca pase por varias etapas, incluyendo diferentes tipos de medidas de control, como zonas de pesca restringidas o límites en el tipo y tamaño de los peces que se pueden capturar. Estas medidas también consideran el impacto humano y buscan reducir el impacto ambiental.